Військово-морський музейний комплекс "Балаклава", який нині потерпає від шахрайських дій, був створений відповідно до Розпорядження Президента України від 29.07.2002 р. № 279/2002-рп "Про відзначення 10-ї річниці Військово-Морських Сил Збройних Сил України" та наказу Державного секретаря Міністерства оборони України від 30.12.2002 року № 5 "Про створення філії Центрального музею Збройних Сил України – Військово-морського музейного комплексу "Балаклава". Відповідно до розпорядження Державного секретаря Міністерства оборони України від 17 липня 2003 року № 26 "Про передачу фондів військового містечка Б-1 у місті Севастополь Автономної Республіки Крим до Центрального музею Збройних Сил України" і наказу Міністра оборони України від 7 жовтня 2005 р. № 537 "Про передачу фондів військового містечка Б-1 у м. Севастополь до Центрального музею Збройних Сил України" на баланс Центрального музею Збройних Сил України були передані об’єкти, на фондах яких і було створено Військово-морський музейний комплекс "Балаклава".

Музей розташовано в приміщеннях підземного заводу по ремонту підводних човнів та арсеналу мінно-торпедного озброєння. Музею надано ряд будівель і споруд, а також причал на березі Балаклавської бухти. Загальна площа приміщень становить        11 047 кв. м. Музей розпочав свою роботу 1 червня 2003 року. Планом розвитку Військово-морського музейного комплексу "Балаклава" передбачено відновлення і збереження інфраструктури колишньої секретної підземної споруди, створення музейних експозицій.

Фондовою основою загальної експозиції Військово-морського музейного комплексу "Балаклава" є історичні матеріали, фотографії, елементи корабельного обладнання та озброєння, морська техніка, флотські однострої предмети, що розкривають військово-морську діяльність на Чорному морі. Більш докладно про музей писалось у "Військово-історичному альманасі" № 2 (7) 2003 р.

Відповідно до Постанови Кабінету Міністрів України від 27 липня 2006 року № 1017 "Про затвердження Програми сталого соціально-економічного, екологічного і культурного розвитку м. Севастополя на період до 2015 року" передбачено проведення реконструкції філії Центрального музею Збройних Сил України – Військово-морського музейного комплексу "Балаклава" в період 2007 – 2010 рр.

На виконання доручення Президента України В. Ющенка від 20.02.2006 р. щодо співпраці Державного підприємства "Укрспецекспорт" з Центральним музеєм Збройних Сил України у справі розвитку філії музею – Військово-морського музейного комплексу "Балаклава" Державним підприємством "Укроборонсервіс" спільно з музеєм у липні 2006 р. було опрацьовано та схвалено на громадських слуханнях у м. Севастополі передпроектні пропозиції розбудови музею, а у серпні 2007 р. ескізний проект головної будівлі музею.

5 грудня 2007 року під час урочистостей до Дня Збройних Сил України Президент України – Верховний Головнокомандувач Збройних Сил України Віктор Ющенко висловив думку, що "сила сьогоднішнього війська може зростати через відновлення, відродження військових традицій, зокрема, встановлення меморіалів українській зброї. Ця робота є ключем до формування почуття патріотизму у Збройних Силах…". За словами Верховного Головнокомандувача Збройних Сил України, принциповий наголос треба зробити на зміцненні свідомості і патріотичного виховання молоді. Президент України висловив переконання в тому, що Міністерство оборони України має приділяти значну увагу створенню військово-історичних музеїв, зокрема створенню сучасного морського військового музею.

Зазначимо, що філія Центрального музею Збройних Сил України – Військово-морський музейний комплекс "Балаклава" за короткий термін часу набула значення як музей світового рівня. За період з 2003 року музей відвідало 207 685 чоловік, проведено 7663 екскурсії.

Якщо до початку 90-х років минулого століття про підземний завод по ремонту підводних човнів та арсенал, які були побудовані у Балаклаві всередині гори Таврос, мало хто знав, то відтепер їх існування ні для кого не є таємницею. Навпаки, зважаючи на останні рішення щодо створення і подальшого розвитку в Балаклаві військово-морського музею, до комплексу нині особлива увага – шахрайська, що ще зветься нині модним іноземним словом рейдерська.

Територія музею і його споруди стали привабливими для недобросовісних комерційних структур. З 2005 р. почали виникати спроби різними шляхами заволодіти майном музею.

Так, весною 2007 року Господарський суд міста Києва розглядав позовну заяву ТОВ "Технічне агентство "Наутілус" до Міністерства оборони України в особі Центрального спеціалізованого будівельного управління Міністерства оборони України "Укроборонбуд" щодо визнання права власності на об’єкти нерухомості розташовані у Балаклавській бухті м. Севастополя по вул. Таврійська набережна № 20, Таврійська набережна № 21, а також штольні № 1, № 2, причал № 247 і 20,99 га земельної ділянки на підставі договору № 24-04/06/6 від 24 квітня 2006 року про компенсацію пайової участі Міністерства оборони України по договору про спільну забудову № 24-04/06.

Господарський суд м. Києва ухвалою від 30.05.2007 р. залучив до участі у справі  № 17/109 Центральний музей Збройних Сил України у якості третьої особи, яка не заявляє самостійних вимог на предмет спору, на стороні відповідачів і на балансі якого знаходиться майно.

За заявою колишнього директора філії Центрального спеціалізованого будівельного управління Міністерства оборони України "Укроборонбуд" Мельника В.Л. фактично пропозиції від ТОВ "Технічне агентство "Наутілус" щодо можливості підписання такого договору не отримувалось і не розглядалось, ніяких грошових коштів за цим договором до Міністерства оборони України не надходило.

Це підтверджено нотаріально завіреною заявою директора філії Центрального спеціалізованого будівельного управління і його філії "Укроборонбуд" (з 18.04.2005 р. по 28.02.2007 р.) Мельника В.Л., першого заступника директора філії Центрального спеціалізованого будівельного управління "Укроборонбуд" (з 20.04.2005 р. по 28.02.2007р.) МО України Мельника С.Т., бухгалтера-касира Центрального спеціалізованого будівельного управління МО України "Укроборонбуд" (з 18.04.2005 р. по 28.02.2007 р.) Ніколаєвої Т.В., заступника директора філії Центрального спеціалізованого будівельного управління МО України "Укроборонбуд"                Малінського Ю.М.

З огляду на це можна припустити, що договір, на який посилається ТОВ "Технічне агентство "Наутілус" є фіктивним. Цікава деталь, коли до Господарського суду м. Києва звернувся військовий прокурор Центрального регіону України, з'ясувалось, що на руках у сторін три різні варіанти договору. На вимогу прокурора та за рішенням суду ТОВ "Технічне агентство "Наутілус" мав надати оригінал договору. Після цього позивач на засідання суду більше не з'являвся і справу було закрито.

Питання захисту майнових інтересів музею постійно знаходиться у полі зору керівництва Міністерства оборони України. Засновник музею, Міністерство оборони України в особі Міністра оборони України Гриценка А.С., не приймав щодо майна музею ніяких рішень, окрім рішення від 31.12.2005 р. щодо припинення процедури його продажу.

Тимчасово виконуючий обов’язки Міністра оборони України Поляков Л.І. надав доручення відповідним особам 4.05.2007 р. № 4629/3 забезпечити належний захист інтересів музею, що свідчить про неправочинність нібито підписаної угоди у зв’язку з порушенням порядку та процедури підписання такого типу угод у Міністерстві оборони України.

14 травня 2007 р. по судовій справі № 2-17/6048-2007 за позовом Міністерства оброни України в особі Центрального спеціалізованого будівельного управління до відповідача ТОВ „Технічне агентство „Наутілус” про розірвання договору № 24-04/06 та по зустрічному позову ТОВ „Технічне агентство „Наутілус” до Міністерства оброни України в особі Центрального спеціалізованого будівельного управління і третьої особи (без самостійних вимог на предмет спору) Севастопольської міської адміністрації – про визнання договору № 24-04/06 дійсним Господарський суд Автономної Республіки Крим вирішив: у позові Міністерства оборони України в особі Центрального спеціалізованого будівельного управління відмовити повністю, а зустрічний позов ТОВ „Технічне агентство „Наутілус” задовольнити.

Оцінюючи події цього періоду, можна сказати про те, що необхідності звернення Центрального спеціалізованого будівельного управління Міністерства оброни України до суду, а тим більш, у м. Сімферополі не було, тому що у цей час відбувався процес у Господарському суді м. Києва. Стає очевидним, що у Міністерстві оборони України є особи, зацікавлені у негативних рішеннях для Збройних Сил України.

3 липня 2007 р. Севастопольський міський апеляційний суд прийняв рішення про задоволення позову ТОВ „Технічне агентство „Наутілус” (м. Сімферополь) до Міністерства оброни України щодо визнання права власності на споруди та земельні ділянки у Балаклавській бухті м. Севастополя. Однак прокурор Військово-Морських Сил Збройних Сил України Лемешев О.В. оскаржив дане рішення суду.

"Рішення щодо права власності прийнято судом незважаючи на переконливі докази Міністерства оборони України щодо підробки документів про факт передачі зазначених земельних ділянок та об'єктів нерухомості. Позиція Міністерства оборони України, залишається незмінною: зазначене земельні ділянки та об'єкти нерухомості є власністю Міністерства оборони України", - відначав у своєму листі Міністр оборони України Гриценко А.С. до віце-прем'єр-міністра України Кузьмука О.І., який активно виступив на захист музею.

15 листопада 2007 р. Вищий Господарський суд України прийняв до провадження касаційну скаргу Центрального музею Збройних Сил України на постанову Севастопольського апеляційного господарського суду від 03.07.07 р. у справі                     № 2-17/6048-2007, і 29 листопада ухвалив постанову про відміну рішення Господарського суду Автономної Республіки Крим та Севастопольського міського апеляційного суду і направив справу на перегляд.

Шахрайські дії проти Військово-морського музейного комплексу "Балаклава" та аналогічні дії одними й тими ж дійовими особами щодо іншого майна громади                     м. Севастополя викликали обурення та відповідну реакцію в депутатів Севастопольської міської ради, які створили тимчасову контрольну комісію з розслідування обставин захоплення земельних ділянок. Результатом стало звернення депутатів Севастопольської міської ради до Президента України, Ради національної безпеки та оборони, Вищої Ради юстиції України. Окрім того, народний художник України Анатолій Гайдамака звернувся до Президента України щодо незаконного відчуження будівель Військово-морського музейного комплексу "Балаклава". За дорученням Президента України Генеральна прокуратура України провела перевірку викладених фактів та 3 вересня 2007 р. порушила кримінальну справу за ознаками злочинів, передбачених ч.2. ст. 364 (зловживання службовим становищем) і ч.2. ст. 366 (службове підроблення) Кримінального кодексу України.

Факт протиправних дій проти музею отримав міжнародний резонанс, про що заявив голова Українського комітету Міжнародної Ради музеїв ЮНЕСКО              Возницький Б.Г.

Очевидно, що музейники, громадськість та всі, хто цікавиться питаннями збереження національної культурної спадщини, сподіваються, що справедливість буде відновлена.